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Allineamento

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Alignment tool6.png

Alignment Tool Legend

Di seguito una breve spiegazione della schermata dello strumento Allineamento da poco introdotto.


1. Sequenza: la sequenza di amminoacidi della proteina. Le lettere sono colorate in base alle proprietà degli amminoacidi; un colore simile equivale a proprietà simili e indica la tendenza a disporsi insieme nella struttura. Le lettere si possono spostare trascinandole con il mouse, anche a blocchi.

2. Template (Sequenze note): le sequenze di amminoacidi presenti nei template, quelle cioè appartenenti a proteine di cui sia nota la struttura finale. La più luminosa è quella selezionata

3. Qualità della somiglianza: questa riga mostra quanto siano simili la sequenza su cui si lavora e quella scelta come template. Più spessa è la barra bianca, maggiore è la somiglianza (amminoacido per amminoacido). Se due residui sono uguali allora viene mostrato una forma quadrata. Se invece i due residui hanno semplicemente lo stesso colore allora viene mostrato un rettangolo. Negli altri casi viene mostrata una sottile linea. Se non c'è nemmeno la linea allora manca il residuo corrispondente in una delle due sequenze a confronto (questi vuoti vanno minimizzati). Se non è stato selezionato alcun Template (4) il confronto viene fatto rispetto a tutti i template a disposizione.

4. Attivare il template: cliccare sul pulsante per attivare il template selezionato. La sua struttura sarà visibile e verrà utilizzata come confronto per l'allineamento.

5. Thread (infilare): è il pulsante più importante! Dopo aver attivato un template (4) si può cliccare su questo pulsante per infilare la sequenza di amminoacidi della propria proteina nella struttura proteica del template. I calcoli richiedono un certo tempo, passato il quale nell'angolo a sinistra in alto dello schermo la scritta Stop Threading cambierà in Accept Thread. Questo significa che l'operazione è possibile. A questo punto si può anche continuare cercando la configurazione migliore oppure accettare il risultato, cliccando in qualsiasi momento sulla scritta. Se il software ritiene che l'operazione è impossibile da portare a termine, comparirà la scritta Can't thread from alignment. Se accade ciò, alcune lettere della sequenza cominceranno a lampeggiare colorate di rosso; è un'indicazione delle parti della sequenza che impediscono l'operazione. Sarà necessario porvi rimedio e riprovare.

6. Resettare l'allineamento: si può resettare in qualsiasi momento l'allineamento (cioè la sequenza di amminoacidi) ai valori iniziali del gioco.

7. Annulla / Ripeti: permette di annullare l'ultima mossa o di ripristinarla se annullata in precedenza.

8. Riserva dei template a disposizione: dal momento che spesso è più facile confrontare le sequenze una alla volta, i template a disposizione sono inseriti in una lista. Si può osservare la loro sequenza di amminoacidi, il loro punteggio e il loro nome (16) prima di confrontarli con la propria sequenza.

9. Numero di template nella riserva: mostra il numero del template visualizzato e il totale di quelli a disposizione.

10. Selezionare un template diverso della riserva: cliccando sulle frecce blu si seleziona un altro template dalla riserva.

11. Estrarre il template dalla riserva: cliccando sulla freccia verde il template selezionato nella riserva viene spostato in alto, inserito cioè tra quelli nella zona di lavoro, quelli che verranno confrontati con la propria proteina. Se ne possono estrarre al massimo 5.

12. Estrarre tutti i template dalla riserva: cliccando su questo pulsante vengono estratti 5 template dalla riserva e inseriti nella zona di lavoro, rimpiazzando quelli eventualmente già presenti.

13. Rimettere il template nella riserva: cliccando sulla freccia rossa il template viene spostato dalla zona di lavoro alla riserva.

14. Impostare un Thread parziale: per infilare solo una parte della propria proteina nella sequenza del template attivo basta selezionare una regione con il mouse, cliccare questo pulsante per evidenziarla e poi premere il pulsante (5).

15. Deselezionare il Thread parziale: cliccare su questo pulsante per annullare l'eventuale selezione parziale (14), tornando a lavorare con l'intera sequenza di amminoacidi.

16. Cambia visualizzazione Nome/Punteggio del template: cliccando su questo pulsante si alternano le due informazioni visibili nel campo sottostante (17).

17. Nome/Punteggio del template: in questa area viene mostrato il punteggio raggiunto dall'allineamento, che indica la sua bontà, oppure il nome del template in base alla scelta effettuata cliccando sul pulsante (16).

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