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Congiunzioni

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Una struttura proteica composta da una serie di segmenti (congiunzioni) senza una forma ben definita.

Le "congiunzioni" sono una delle tre strutture secondarie delle proteine utilizzate in FoldIt. Sono rappresentate con degli stretti segmenti cilindrici di diversa lunghezza; quasi fossero dei pezzi di corda che annodano tra loro i gruppi laterali corrispondenti agli amminoacidi che costituiscono lo struttura. Dal punto di vista di Foldit, questa è la struttura di base, quella che assume le forme più diverse e non si conforma abbastanza bene alle forme a elica o a foglietto. E' una struttura altamente flessibile e gli si può facilmente cambiare forma utilizzando i vari strumenti messi a disposizione dal gioco in Modalità pull.

Tra gli amminoacidi di questa struttura sono possibili anche legami a idrogeno ma non sono visibili in FoldIt; per vederli è necessario assegnargli una struttura a foglietti in Modalità struttura.


Le eliche e i foglietti servono a stabilizzare il nucleo della proteina. Gli altri segmenti si trovano invece spesso all'esterno della struttura proteica e, cosa per niente sorprendente, sono ricchi di gruppi laterali idrofili. Questi infatti creano dei legami a idrogeno con l'acqua che circonda la proteina più spesso di quanto lo fanno con gli altri amminoacidi della catena; questo li rende più flessibili delle eliche e dei foglietti.


Lo scopo delle congiunzioniModifica

Lontane dell'essere solo delle "connessioni" tra eliche e foglietti, queste strutture sono spesso implicate nelle funzioni della proteina, come ad esempio l'essere parte del sito attivo degli enzimi oppure il sito di legame per legandi o recettori. La loro flessibilità gli permette a volte di assumere più di una conformazione, una sorta di posizione "aperta" o "chiusa" che permette o blocca una qualche funzione della proteina.

Dal momento che queste strutture si trovano spesso all'esterno della proteina, il loro frequente ruolo nelle sue funzioni non sorprende affatto, ma è normale che il giocatore si concentri solo su eliche e foglietti. Data la loro grande flessibilità si possono guadagnare pochi punti manipolandole, molti meno di quanti se ne ricevono ad esempio eliminando le collisioni tra gruppi laterali. Ciò detto, la conformazione di queste strutture deve essere corretta se si vuole ottenere il massimo del punteggio.

E' però dubbio il fatto che FoldIt non assegni dei punti extra in caso di conformazioni corrette, questo malgrado il ruolo chiave che hanno nella funzionalità delle proteine.


Motivi strutturaliModifica

Esiste una classificazione di queste strutture fatta in base alla loro forma. Per esempio le congiunzioni che connettono due foglietti anti-paralleli adiacenti sono chiamate "Congiunzioni ad uncino". Le congiunzioni ad uncino più corte, 2-5 amminoacidi, sono chiamate "Inversioni a U". Si rimanda alla pagina dei Motivi strutturali per un elenco completo e una trattazione esaustiva.

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