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Estetica

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L'estetica in FoldIt è qualcosa di polivalente. E' l'insieme di tutte quelle cose che sono difficili da spiegare ma che sembra abbiano senso e aiutino a ripiegare nel modo giusto la proteina.

Un forma compatta ed efficiente ha una bellezza insita in essa, o almeno la ha per l'occhio di un giocatore allenato.

In questo articolo ci sono alcuni suggerimenti per ottenere una buona estetica in FoldIt. Nessuna proteina segue perfettamente delle regole estetiche ma tutte le proteine ben ripiegate le seguono almeno a grandi linee. Avere un buon senso estetico permette al giocatore di giudicare meglio quali forme cercare di ottenere ripiegando la proteina.

Eliche: Una elica raramente avrà una forma molto attorcigliata, più spesso invece le sue curve saranno dolci. Si può utilizzare lo strumento Tweak per normalizzarla e ottenere una forma rigida e stabile ma questo va contro il senso estetico in FoldIt.

Foglietti Anche i foglietti curvano ma è importante ricordare che lo fanno molto dolcemente e senza improvvisi cambi di direzione o curve strette. In questi casi può aiutare un leggero utilizzo dello strumento Tweak per normalizzarli oppure osservare bene le strutture adiacenti ai foglietti per capire se sono loro a forzarli in questa configurazione sgraziata.

Congiunzioni: Le congiunzioni sono i jolly della situazione. Possono essere messe un po' dappertutto e in qualsiasi configurazione, ma è un po' a questo che servono.


In generale molte proteine assumono una forma quasi sferica, a meno che non facciano parte di una struttura più complessa, come nel caso della Fibronectina.

Non solo le proteine assumono tipicamente una forma sferica ma ci deve essere una sorta di bilanciamento tra le sue varie componenti: i foglietti tendono a stare (non sempre) al centro della sfera, connessi da legami a idrogeno, mentre le eliche si sistemano dal lato opposto rispetto ai foglietti.

Di seguito sono raffigurate due forme ripiegate della stessa proteina, la prima con un certo senso estetico, la seconda molto meno:

Good Aesthetics 9050.jpg

Questa proteina ha una buona estetica: i foglietti sono abbastanza dritti e ben nascosti, sono connessi da molti legami a idrogeno. L'intera struttura sembra abbastanza compatta.

Bad Aesthetics 8904.jpg

Questa proteina non ha una buona estetica: i foglietti sono troppo esposti, senza legami a idrogeno e probabilmente troppo costretti l'uno contro l'altro. Nella realtà è probabile che la proteina sia più compatta di quella raffigurata.


Può essere difficile da credere ma le due proteine hanno ottenuto un punteggio simile -- 9050 per quella con una buona estetica e 8904 per l'altra. La differenza è che la seconda è difficilmente migliorabile mentre la prima è un'ottima base per utilizzare successivamente tecniche di miglioramento del punteggio; in pratica è probabile che sia già molto vicina alla soluzione ideale del puzzle.

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