La modalità Progettazione è selezionabile in FoldIt solo per certi puzzle. Viene messo a disposizione un menù a torta dal quale si possono scegliere i vari tipi di amminoacidi da sostituire a quello scelto.
Per aprire il menù a torta è necessario cliccare con il pulsante destro del mouse sull'amminoacido interessato; questo viene indicato sul menù con una leggera bordatura luminescente.
La Modalità Progettazione è selezionabile dal menù Modes direttamente sulla schermata di gioco.