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Idrofobia

Parte di un amminoacido con eliche (verdi) e gruppi laterali (blu e arancioni)

Le proteine sono formate da una sequenza di soli 20 tipi diversi di amminoacidi e ognuno di questi amminoacidi è composto dal gruppo funzionale dell'ammina (-NH2), da quello dell'acido carbossilico (-COOH) e da un gruppo laterale (chiamato "R") che si lega all'atomo centrale di carbonio.

Ogni gruppo laterale determina con quali altri composti chimici, e come, la proteina dovrà interagire. I gruppi laterali interagiscono anche tra di loro determinando così la struttura tridimensionale della proteina. Una delle caratteristiche fondamentali dei gruppi laterali è il loro essere idrofobici o idrofili, che descrive il modo con cui interagiscono con le molecole d'acqua.


In FoldIt, i gruppi laterali sono raffigurati con delle sequenze di cilindretti; ciò rappresenta la struttura chimica dei loro elementi (a parte l'idrogeno). I gruppi laterali possono essere molto corti, come nel caso dell'Alanina in cui è presente un solo atomo di carbonio, o persino "invisibili", come nel caso della Glicina. Viceversa possono essere molto complessi come nel caso del Triptofano. I gruppi laterali possono essere manipolati direttamente con il mouse oppure utilizzando lo strumento Shake sidechains. La loro posizione può anche venire modificata come conseguenza automatica di diverse azioni.


Posizionare correttamente i gruppi laterali è uno degli elementi chiave per una strategia vincente a FoldIt!