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Local Rebuild Strategy

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La Local Rebuild Strategy è un metodo da utilizzare nella fase centrale del gioco che riguarda specificatamente le zone con punteggio basso o più in generale giudicate intuitivamente "sospette" dal giocatore.

Procedura Modifica

Scelta del target Modifica

Il target sarà un'area della proteina con uno o due amminoacidi dal punteggio particolarmente basso. Li si può facilmente individuare utilizzando la colorazione della struttura fatta in base al punteggio (Relative score coloring). Bloccate un'area contenente questi amminoacidi e pochi altri, per un totale variabile da 3 a 5 residui. Lavorare con più di cinque amminoacidi renderebbe difficile tenere sotto controllo il processo di ricostruzione.

Struttura Modifica

La scelta della struttura è molto importante in questa strategia. Le strutture non solo permettono al giocatore di immaginare la forma che l'area dovrebbe assumere, ma sembrano influenzare anche il modo in cui il software si comporta durante la ricostruzione. Quindi va scelta la struttura che meglio si adatta alla forma finale che abbiamo in mente per la struttura.

Ricostruire Modifica

Ricostruite l'area che avete bloccato. Guardate attentamente sia quello che accade alla struttura sia il grafico del punteggio. Non c'è qualcosa di specifico da ricercare: si può fermare la ricostruzione quando il punteggio è relativamente alto, oppure quando ci sono poche collisioni o più semplicemente quando la forma ottenuta sembra quella che avevate in mente. Dal momento che esistono molte configurazioni possibili persino per un così piccolo numero di amminoacidi, non bisogna aver paura di continuare il processo di ricostruzione anche a lungo. Presto si imparerà a riconoscere quando il processo è andato a buon fine.

Potrebbe essere utile anche utilizzare degli elastici molto corti, specialmente nel caso in cui si sia scelto di lavorare con 4-5 amminoacidi. Se poi si è deciso di lavorare con un numero ancora maggiore di amminoacidi, cosa che comunque diminuisce l'efficacia della strategia, l'utilizzo degli elastici diventa virtualmente obbligatorio.

Wiggle Modifica

Una volta conclusa la ricostruzione è necessario utilizzare lo strumento Wiggle, localmente e/o globalmente. Se lo si utilizza localmente allora spesso è poi necessario anche utilizzarlo anche globalmente. A volte invece un unico utilizzo globale porta a risultati migliori.

Da notare che ci vuole un po' di tempo perché lo strumento Wiggle usato localmente porti a una struttura stabile -- spesso parecchi minuti con un incremento leggero e costante del punteggio. A volte inoltre l'uso di questo strumento riporta la struttura esattamente da dove siete partiti, ma per fortuna questa non è la norma.

Rimuovere i blocchi Modifica

Dopo aver concluso le mosse precedenti non resta che rimuovere i blocchi. Se non si è soddisfatti del risultato si può sempre applicare la stessa strategia ma questa volta aggiungendo alla zona interessata un amminoacido, a destra o a sinistra di quelli scelti in precedenza. A volte questo può portare a risultati notevolmente migliori!

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