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Lo strumento "Tweak" è utilizzabile in due modalità: ruota e idealizza (normalizza). E' stato introdotto nel luglio del 2008 e non è compreso nel tutorial e virtualmente non esiste documentazione ufficiale sul come deve funzionare

DocumentazioneModifica

La spiegazione ufficiale recita:

Stiamo sperimentando una nuova mossa chiamata "tweak" che ha due varianti, la rotazione (la più richiesta) e la idealizzazione. Si può utilizzare lo strumento "tweak" in Modalità pull scegliendolo sul menù a torta che si apre cliccando con il pulsante destro del mouse su un foglietto o su un'elica delimitata da congiunzioni. Più lunghe sono le strutture, meglio è.

Apparirà un piccolo congegno viola che permette di manipolare i foglietti o le eliche. Agendo su di esso con il mouse si possono ottenere vari effetti:

  • cliccando su una freccia curva la struttura inizia a ruotare
  • cliccando sulla sfera più grande la struttura prova ad assumere una forma ideale (tende a raddrizzarsi)
  • cliccando sulla sfera più piccola interna si bloccano i movimenti


Come iniziare la "messa a punto"Modifica

Per usare questo strumento bisogna trovarsi in Modalità pull e selezionare un foglietto o un'elica lunghi almeno 3 segmenti. La struttura selezionata deve avere ad entrambe le estremità una congiunzione anch'essa composta da almeno tre unità a meno che non si tratti dell'estremità della proteina. Si clicca con il pulsante destro del mouse sulla struttura e appare il classico menù a torta.

A questo punto si sceglie l'opzione "tweak", sempre che sia presente. Il programma riconosce infatti automaticamente se le condizioni sopra citate sono state rispettate; se così non è apparirà una scritta "tweak help" e sarà necessario seguire le istruzioni che verranno impartite.

E' possibile andare in Modalità struttura per modificare gli elementi su cui si vuole agire, affinché rispettino le condizioni necessarie. Questo strumento infatti non tiene conto della struttura di default ma solo di quella che la proteina ha in quel momento. Da notare però che se si muta la struttura secondaria di una sequenza di amminoacidi in una non ottimale, lo strumento Tweak produrrà ben pochi risultati.

Quando lo strumento è attivo si noteranno due frecce ricurve viola ai lati della struttura (servono per ruotarla) e un punto viola al loro centro (serve per raddrizzarla, normalizzarla, idealizzarla).


NoteModifica

  • Questo strumento non porta quasi mai a guadagnare dei punti se utilizzato da solo. Invece da il suo meglio quando un giocatore riesce a intuire quale forma "dovrebbe" avere una struttura e lo usa per farla diventare tale; in questo caso è quasi d'obbligo utilizzare successivamente lo strumento Wiggle, localmente o globalmente, per dare stabilità alla struttura. Spesso non ci si riesce con una sola mossa ma sono necessarie più applicazioni locali, riposizionamenti dei gruppi laterali ed altri aggiustamenti.
  • Questo strumento modifica anche la conformazione delle congiunzioni di estremità della struttura secondaria scelta. Ecco perché sono necessarie congiunzioni con almeno 3 elementi, se ce ne fossero di meno la struttura sarebbe troppo poco flessibile. Se all'opposto se ne includono troppe allora questo strumento può causare dei cambiamenti strutturali estesi, anche a zone che invece non si vorrebbero andare a toccare.
  • Una tattica utile è quella di applicare questo strumento su un foglietto o su un'elica allo scopo di causare un effetto ben preciso sulle congiunzioni vicine: ad esempio per dare una raddrizzata alla loro disposizione, oppure per piegarle, o per esporre i gruppi laterali idrofobi o nascondere quelli idrofili.
  • Un approccio solitamente utile è quello di normalizzare una struttura secondaria e poi di bloccarla. Successivamente si applica globalmente lo strumento Wiggle. Lo svantaggio è che si potrebbe ultra-normalizzare una struttura che invece in natura è leggermente "storta".
  • A volte questo strumento genera dei risultati imprevedibili; ad esempio se una proteina presenta un'unica elica e per il resto è composta solo da congiunzioni, se si va a ruotare l'elica si ottiene la rotazione dell'intera proteina senza alcuna modifica della sua struttura. E' necessario dunque bloccare alcuni amminoacidi per ottenere dei risultati. Se poi lo strumento viene utilizzato più a lungo del necessario, è possibile anche che la struttura "esploda" nel momento in cui si sbloccano le parti precedentemente bloccate e si applica lo strumento Wiggle.


Messa a punto nella fase finale del giocoModifica

La seguente tecnica è molto utile per aumentare il punteggio del puzzle nella fase finale del gioco:

  • Individuare una sezione della proteina che sembra aver bisogno di una sistemata; forse è leggermente ruotata oppure non appaga esteticamente. In realtà questa tecnica è stata usata con successo anche su parti della proteina che sembravano essere a posto.
  • Tornare in Modalità pull e utilizzare lo strumento "Tweak" sui foglietti. Delle tre possibilità, ruotare in senso orario, ruotare in senso antiorario e raddrizzare, se ne deve utilizzare solamente una. Solo una ha possibilità di successo ma per individuare quale delle tre, sarà probabilmente necessario effettuare alcuni tentativi.
  • Scelta la mossa giusta si può far iniziare il movimento. Le modifiche alla struttura avvengono molto velocemente e bisogna fermarle abbastanza rapidamente, prima di rendere irriconoscibile la struttura della proteina. Prima si ferma il movimento, meglio è.
  • Premere il tasto "L" per rimuovere i blocchi e poi "W" per applicare lo strumento Wiggle. Non ci si deve aspettare che il punteggio torni al valore precedente, non lo farà. Si comporta invece abbastanza stranamente: prima sale lentamente, poi fa un balzo in avanti per poi discendere al suo nuovo valore stabile.
  • Bisogna provare due o tre volte a modificare la struttura in modo casuale. Se si è fortunati il punteggio supererà quello da cui si è partiti, se così non è allora si può ripristinare la configurazione da cui si è partiti per poi provare ad utilizzare lo strumento ruotando la struttura nella direzione opposta (o raddrizzandola).

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