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La Sad local wiggle strategy è una strategia valida solo in casi molto particolari. Generalmente infatti è utile solo nei casi in cui, utilizzando la colorazione della struttura fatta in base al punteggio (Relative score coloring), questa appare quasi completamente in verde tranne che per una piccola area rossa.

Un esempio è il seguente:

Sad Local Wiggle 1.jpg

Il punteggio, anche se dall'immagine non si vede, è pari a 10246. Se avete per le mani una proteina già ripiegata di questo tipo allora procedete bloccando i due amminoacidi ai lati della zona in rosso:

Sad Local Wiggle 2.jpg

...poi applicate lo strumento Wiggle su di essa (quindi localmente). Non importa in questa fase se il punteggio scende e non considerate nemmeno le eventuali collisioni che si vengono a formare. Risolverete queste situazioni in seguito.

Aspettate sino a che la struttura ha raggiunto la stabilità, fermate l'azione dello strumento Wiggle e bloccate tutti gli amminoacidi della zona interessata (cioè tutti quelli tra i due già bloccati in precedenza):

Sad Local Wiggle 3.jpg

Ora utilizzate lo strumento Wiggle globalmente sempre sino a che non ottenete la stabilità. Sbloccate tutto e applicatelo nuovamente, sempre globalmente. Al termine scuotete i gruppi laterali ed è fatta.

Sad Local Wiggle 4.jpg

Potrebbe non sembrarvi molto ma il punteggio al termine è di 10347 con un guadagno netto di 101 punti.

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