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Questo strumento, chiamato "Shake sidechains" in FoldIt, cerca automaticamente la miglior posizione per tutti i gruppi laterali della proteina in un colpo solo.

Ovviamente i gruppi laterali bloccati non si muovono quindi li si può scuotere anche localmente, cioè solo in una determinata area della proteina, e i risultati potrebbero essere diversi da quelli raggiunti dalla stessa azione applicata globalmente.


Non si conosce molto dell'algoritmo che provoca il movimento dei gruppi laterali e molti giocatori preferiscono posizionarne almeno alcuni manualmente, di solito per ricercare un punteggio migliore, a volte per provocare deliberatamente delle collisioni; capita infatti che la successiva eliminazione delle collisioni con lo strumento Wiggle porti ad incrementi del punteggio o addirittura ad una nuova conformazione dello scheletro della proteina.