Una proteina, o più precisamente una struttura che gli si è data ripegandola, si dice stabile quando il suo punteggio rimane invariato come conseguenza di una manipolazione. Quindi una struttura è stabile allo shake se l'uso dello strumento "Shake" non fa cambiare il punteggio.
La stessa definizione si può applicare anche allo strumento "Wiggle", alla ricostruzione e al trascinamento anche se è difficile parlare di stabilità nell'ultimo caso: vi sono infinite possibilità di deformazione della struttura a causa di trascinamenti di alcune sue parti quindi è difficile generalizzare. Il mojo della struttura può essere in questo caso usato come grado della sua stabilità.
Le proteine instabili spesso presentano delle aree il cui punteggio può essere aumentato significativamente, ma spesso è difficile individuare queste zone. Quando si individuano delle aree instabili agli strumenti "Wiggle" o "Shake" è spesso una buona idea applicare quanto sapete degli amminoacidi per far emergere potenzialità di queste aree.
Quando una proteina è instabile allo strumento "Shake", e il punteggio cala se tale strumento viene utilizzato, allora probabilmente non è mai stato utilizzato correttamente lo strumento "Wiggle" sulla struttura. Meglio annullare lo "Shake" e usare "Wiggle" ancora un po', poi verificare se la struttura si stabilizza.