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BandingGlobalWiggle.jpg

Elastici (in viola) tesi tra i punti di ancoraggio (X rosse).

Questi "elastici" sono dei vincoli che si danno alla proteina, ad esempio per obbligare una struttura molto estesa a compattarsi. Utile anche per impedire a una particolare zona della struttura di subire delle modifiche a causa delle mosse del giocatore; è un metodo che lascia un po' più di libertà di movimento rispetto al congelamento ma che fa rimanere comunque la struttura sostanzialmente uguale. Gli elastici si creano utilizzando il pulsante centrale del mouse (lo scroll):

  • si seleziona per primo il segmento, cioè l'amminoacido, scelto come base di fissaggio dell'elastico e si preme il pulsante centrale del mouse
  • mantenendo premuto il pulsante si muove il mouse verso il secondo punto di fissaggio che può essere un altro segmento oppure un punto nello spazio vuoto
  • si rilascia il pulsante del mouse: sullo schermo sarà visibile un tratto viola che indica l'elastico e, nel caso di punto di ancoraggio nel vuoto, alla sua estremità un quadrato rosso con una X che lo indica.


Usare gli elastici e lo strumento "Wiggle" globalmenteModifica

Supponiamo di applicare lo strumento "Wiggle" globalmente e che il punteggio sia stabile, non aumenti più: a volte si guadagnano molti punti tirando degli elastici mentre Wiggle è ancora attivo. Questo metodo non sempre funziona (quasi mai con una proteina di grandi dimensioni) ma se lo fà, i punti ottenuti sono molti. Vediamo la procedura:

  • applicare lo strumento "Wiggle" globalmente
  • è importante dare uno sguardo alla proteina identificando gli amminoacidi Glicina su cui facilmente la struttura fa perno durante i movimenti
  • dopo aver individuato i punti sensibili si può anche fermare il "Wiggle", almeno per i principianti, oppure si può procedere al punto successivo applicando gli elastici "al volo"
  • selezionare i giunti a Glicina e applicargli due elastici, con punti di ancoraggio in direzioni opposte (vedi figura) in modo da rendere stabile la posizione della Glicina
  • aspettare fino a che la struttura non smette di muoversi e applicare altri elastici con lo stesso criterio (mediamente da 5 a 10)
  • dopo aver applicato tutti gli elastici ritenuti opportuni e aver aspettato che la struttura abbia smesso di muoversi, muoverne uno di poco, abbastanza per veder variare il punteggio: tendenzialmente la direzione giusta è quella che lo fa aumentare
  • ora è necessario fare la stessa cosa ad altri 3-4 elastici piuttosto rapidamente: solitamente il punteggio decresce ma poi solitmente aumenta fino a raggiungere un valore superiore a quello originario
  • alla fine, cioè quando il punteggio è nuovamente stabile, fermare il "Wiggle" e togliere tutti gli elastici.


Come ultima mossa si può ri-applicare lo strumento "Wiggle" globalmente; a volte il punteggio aumenta, persino se le mosse precedenti non hanno sortito alcun effetto.

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