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Il menu Undo di FoldIt presenta un grafico che mostra l'andamento recente del punteggio ottenuto manipolando la struttura proteica. Questo grafico ha tre importanti caratteristiche che lo rendono utile se si vuole monitorare accuratamente l'andamento del punteggio:

  • si aggiorna in tempo reale con i movimenti della struttura
  • si riscala verticalmente in modo automatico e questo da una immediata visione del peggiore e del migliore dei punteggi ottenuti
  • permette di ripristinare in qualsiasi momento la configurazione con il miglior punteggio (scegliere l'opzione RESTORE BEST).


L'utilità del grafico si perde se si eseguono mosse che cambiano radicalmente la struttura, se cioè ci sono variazioni di centinaia di punti. E' invece un valido strumento quando si è giunti al punto di dover incrementare il punteggio poco alla volta, magari anche solo di porzioni di punto.


Come impostare e usare il graficoModifica

  • Resettare il grafico cliccando sul pulsante CLEAR. La scala verticale viene resettata e in questo modo si potranno in seguito notare meglio anche delle piccole variazioni del punteggio.
  • Cliccare con il pulsante destro del mouse su una porzione della proteina e scegliere ad esempio lo strumento Wiggle. Quello che si ottiene è un movimento localizzato e normalmente porta a una piccola variazione del punteggio. Si può anche provare bloccando le porzioni adiacenti della struttura.
  • Verosimilmente il punteggio salirà o scenderà senza fluttuazioni, il grafico conterrà solo due valori e l'asse verticale si scalerà di conseguenza.
  • Terminare il movimento corrente e rifarlo una seconda volta, o fare qualcosa di simile (nel senso di cercare di eseguire mosse localizzate). Ora i valori contenuti nel grafico saranno verosimilmente tre e dando loro uno sguardo si può facilmente capire come varia il punteggio mano a mano che la struttura si muove.
  • Nel caso di un picco del punteggio, FoldIt memorizza questo valore (e la configurazione corrispondente) come "nuovo miglior punteggio". Non serve che il movimento venga fermato esattamente in corrispondenza del picco, il gioco memorizza il picco automaticamente.
  • Continuare ad eseguire mosse e ad osservare le variazioni del punteggio sul grafico, eventualmente ripristinando la migliore struttura cliccando su RESTORE BEST se ci si è allontanati troppo da questa.
  • Se sono intervenuti grossi cambiamenti al punteggio allora non si sarà più in grado di apprezzarne le piccole variazioni, è meglio resettare il grafico e ricominciare.


Queste azioni servono sia per imparare a valutare a priori le conseguenze di certe mosse sulla struttura, sia per ottenere piccoli miglioramenti da una struttura che è già quasi completamente ottimizzata. Sono inoltre la base per la strategia chiamata Local Wiggle Strategy.

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