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I "vuoti" sono degli spazi tra gli atomi della proteina ripiegata. Per poterli vedere basta scegliere dal menù "View" l'opzione "show voids". Verranno visualizzate delle sfere di diversa grandezza. Questa opzione rallenta considerevolmente FoldIt ma può essere utile per verificare quali zone necessitino di una migliore compattezza.


Secondo gli sviluppatori del gioco, una proteina ben ripiegata non dovrebbe presentare dei vuoti, o quasi.